온라인 바카라 베스트, 프로젝트 모니터링 가능
바이오플러스-인터펙스 코리아 2021 콘퍼런스 23일 개최
"온라인 바카라은 구조를 모르는 타깃이 주어졌을 때 일종의 모범 데이터(Exemplar Data), 즉 샘플이 되는 리간드(Ligand)를 잘 활용해1차 실험을 진행한다. 그 샘플로부터 기반이 되는 타깃의 구조를 역으로 추측하거나, 리간드의 공통 속성을 기반으로 새로운 구조의 설계로 넘어갈 수 있는 그런 연구방식을 개발 중에 있다."
'AI 신약개발 플랫폼 기업' 온라인 바카라 김진한 대표는 23일 개최된 '바이오플러스-인터펙스 코리아 2021' 컨퍼런스에서 이같이 말했다.
김진한 대표는△표적 단백질에 대한 분자 생성(Molecule Generation for Target Protein) △새로운 타깃 발견(Novel Target Discovery)을 중심으로 발표를 진행했다.

김 대표는 "AI 디스커버리를 하는 커뮤니티에서 첫 번째로 하는 일은 기계학습을 한 랜드스케이프(Landscape)를 만드는 것부터 시작한다. 케미컬 데이터(Chemical Data)를 가지고 학습된 결과물의 추상화된 패턴을 뽑아내고, 패턴으로 이루어진 스케이프(Scape)를 케미컬 스페이스(Chemical Space)라고 부른다"고 운을 뗐다.
그는 물질이 나타내고자 하는 물성을 스스로 나타나게 하는 기술이 중요하다고 전했다.
이어 그는 "물질을 발생시키면 학습된 구조를 바탕으로 랜드스케이프 중에서 좋은 포인트 혹은 이미 알고 있는 좋은 포인트 근처에 위치해 있거나, 이러한 랜드스케이프 상의 그래디언트(Gradient)를 따라서 일종의 디코딩(Decoding, 해독)을 해내면 새로운 구조가 나온다"고 설명했다.
이를 통해 더 좋은 포인트 혹은 새로운 물질을 뽑아낼 수 있다. 이러한 분자(Molecule)를 표현 방법(Representation)이라고 한다. 그러면서 그는 합성의 중요성을 강조했다.
그는 "합성이 될 수 있는 기본 구조인 Reaction Based는 반응 물질(Reactant)을 기반으로 그 유닛을 잘라서 표현을 해 학습을 하는 영역이다. 또 에너지 계산에 더 초점을 맞춘 Atom Based가 있고,Fragement Based 등 3가지 카테고리가 있다"고 주장했다.
현재 온라인 바카라은 포인트 클라우드(Point Clouds)를 시도하고 있다. 그는 "표현 방법(Representation)보다 더 높은 단계에 해당한다. 물질에 3D 구조를 반영한다는 것이다. 특히 3D는 이미지 영역에서 많이 이용되고 있다"고 언급했다.
온라인 바카라 베스트(Standigm BEST) 데모 버전에 대해 그는 "타깃 DB부터 시작해 타깃을 고르는 영역, 해당 타깃을 고르게 되면 추후 3D 형태의 유사성 정보를 얻게 된다. 그런 디테일한 정보를 워크플로우에서 확인할 수 있다. 프로젝트 전체를 모니터링 하면서 관리할 수 있는 기능도 있다"면서 제품의 우수성을 강조했다.
신규 타깃 디스커버리에 대해 그는 "온라인 바카라 애스크(Standigm ASK) 공개 버전이 있다. 로그인을 해 실제로 사용 가능한 플랫폼이다. 그래프 기반으로 분석을 진행하는 플랫폼이고, 크게 3부분으로 나뉘어 있다. 그래프 데이터베이스(Graph Database), 우선순위 알고리즘(Prioritization Algorithm), 인터랙티브 UI(Interactive UI) 등이 있다"고 밝혔다.
온라인 바카라의iCLUE&ASK에 접속해 다양한 노드와 엣지 형태로 이뤄진 알고리즘이 어떻게 움직이는지 볼 수 있다. 그 관계성이 어떻게 만들어지는지에 대해 탐색하는 것이 가능하다.
그는 "온라인 바카라은 4개 질병에 대해 자사 플랫폼을 이용해 신규 타깃을 예측하는 실험을 진행했다. IPF(Idiopathic Pulmonary Fibrosis, 특발성 폐섬유화증)의 경우,신규 타깃을 1차적으로 확보했다"고 말했다.